MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydophila pneumoniae LPCoLN plasmid unnamed

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017286	AGG	2	6	35	40	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384450087
2	NC_017286	TC	3	6	60	65	0 %	50 %	0 %	50 %	384450087
3	NC_017286	GTTG	2	8	69	76	0 %	50 %	50 %	0 %	384450087
4	NC_017286	CAA	2	6	95	100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450087
5	NC_017286	TAC	2	6	140	145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450087
6	NC_017286	CCA	2	6	381	386	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384450087
7	NC_017286	GAA	2	6	405	410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450087
8	NC_017286	TTGT	2	8	436	443	0 %	75 %	25 %	0 %	384450087
9	NC_017286	AAAG	2	8	512	519	75 %	0 %	25 %	0 %	384450087
10	NC_017286	GGAA	2	8	558	565	50 %	0 %	50 %	0 %	384450087
11	NC_017286	CAA	2	6	568	573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450087
12	NC_017286	ATCT	2	8	599	606	25 %	50 %	0 %	25 %	384450087
13	NC_017286	AGA	2	6	743	748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450087
14	NC_017286	ATT	2	6	752	757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450087
15	NC_017286	AAG	2	6	804	809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450088
16	NC_017286	CAAAAA	2	12	826	837	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384450088
17	NC_017286	A	8	8	833	840	100 %	0 %	0 %	0 %	384450088
18	NC_017286	AGA	3	9	844	852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450088
19	NC_017286	AGA	2	6	858	863	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450088
20	NC_017286	TAA	2	6	934	939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450088
21	NC_017286	AAAG	2	8	958	965	75 %	0 %	25 %	0 %	384450088
22	NC_017286	AT	3	6	1046	1051	50 %	50 %	0 %	0 %	384450088
23	NC_017286	AG	3	6	1058	1063	50 %	0 %	50 %	0 %	384450088
24	NC_017286	ACA	2	6	1091	1096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450088
25	NC_017286	CAAG	2	8	1182	1189	50 %	0 %	25 %	25 %	384450088
26	NC_017286	AAC	2	6	1194	1199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450088
27	NC_017286	TAC	2	6	1203	1208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450088
28	NC_017286	GCT	2	6	1226	1231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450088
29	NC_017286	TTG	2	6	1235	1240	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450088
30	NC_017286	GAAA	2	8	1262	1269	75 %	0 %	25 %	0 %	384450088
31	NC_017286	CTATTT	2	12	1314	1325	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450088
32	NC_017286	GA	3	6	1348	1353	50 %	0 %	50 %	0 %	384450088
33	NC_017286	ATT	2	6	1400	1405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450088
34	NC_017286	TTC	2	6	1438	1443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450088
35	NC_017286	CTC	2	6	1503	1508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384450088
36	NC_017286	AAT	2	6	1570	1575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017286	GGT	2	6	1613	1618	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017286	GGT	2	6	1635	1640	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017286	GGT	2	6	1657	1662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017286	GGT	2	6	1679	1684	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017286	ATT	2	6	1945	1950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450089
42	NC_017286	AGC	2	6	2017	2022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384450089
43	NC_017286	GTT	2	6	2069	2074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450089
44	NC_017286	GCAAC	2	10	2103	2112	40 %	0 %	20 %	40 %	384450089
45	NC_017286	T	6	6	2174	2179	0 %	100 %	0 %	0 %	384450089
46	NC_017286	A	8	8	2188	2195	100 %	0 %	0 %	0 %	384450089
47	NC_017286	ATT	2	6	2208	2213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450089
48	NC_017286	TC	3	6	2262	2267	0 %	50 %	0 %	50 %	384450089
49	NC_017286	TGA	2	6	2370	2375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450089
50	NC_017286	AT	3	6	2462	2467	50 %	50 %	0 %	0 %	384450089
51	NC_017286	TAT	3	9	2465	2473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450089
52	NC_017286	CTC	2	6	2517	2522	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384450089
53	NC_017286	A	7	7	2555	2561	100 %	0 %	0 %	0 %	384450089
54	NC_017286	TCT	2	6	2603	2608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450089
55	NC_017286	CAA	2	6	2734	2739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017286	TGT	2	6	2751	2756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450090
57	NC_017286	ATT	2	6	2766	2771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450090
58	NC_017286	T	7	7	2770	2776	0 %	100 %	0 %	0 %	384450090
59	NC_017286	TGA	3	9	2825	2833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450090
60	NC_017286	CTG	2	6	2893	2898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450090
61	NC_017286	T	7	7	2999	3005	0 %	100 %	0 %	0 %	384450090
62	NC_017286	ACAA	2	8	3009	3016	75 %	0 %	0 %	25 %	384450090
63	NC_017286	AAT	2	6	3037	3042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450090
64	NC_017286	TAA	2	6	3076	3081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450090
65	NC_017286	CGT	2	6	3083	3088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450090
66	NC_017286	T	6	6	3088	3093	0 %	100 %	0 %	0 %	384450090
67	NC_017286	CT	3	6	3181	3186	0 %	50 %	0 %	50 %	384450090
68	NC_017286	TTG	2	6	3332	3337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450090
69	NC_017286	AT	3	6	3397	3402	50 %	50 %	0 %	0 %	384450090
70	NC_017286	GCT	2	6	3408	3413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450090
71	NC_017286	TTGTT	2	10	3419	3428	0 %	80 %	20 %	0 %	384450090
72	NC_017286	TAT	2	6	3476	3481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450090
73	NC_017286	AT	3	6	3517	3522	50 %	50 %	0 %	0 %	384450090
74	NC_017286	AG	3	6	3527	3532	50 %	0 %	50 %	0 %	384450090
75	NC_017286	TG	4	8	3581	3588	0 %	50 %	50 %	0 %	384450090
76	NC_017286	CTT	2	6	3619	3624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450090
77	NC_017286	AT	4	8	3652	3659	50 %	50 %	0 %	0 %	384450090
78	NC_017286	TGT	2	6	3721	3726	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450090
79	NC_017286	TGT	3	9	3735	3743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450090
80	NC_017286	ATT	2	6	3798	3803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450090
81	NC_017286	T	6	6	3829	3834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017286	TGT	2	6	3954	3959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450091
83	NC_017286	GAA	2	6	3973	3978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450091
84	NC_017286	T	8	8	4009	4016	0 %	100 %	0 %	0 %	384450091
85	NC_017286	GAA	2	6	4069	4074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450091
86	NC_017286	TCA	2	6	4161	4166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450091
87	NC_017286	TTC	2	6	4175	4180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450091
88	NC_017286	TTA	2	6	4201	4206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450091
89	NC_017286	CTT	2	6	4223	4228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450091
90	NC_017286	CAA	2	6	4311	4316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450091
91	NC_017286	CTA	2	6	4325	4330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450091
92	NC_017286	ATCC	2	8	4472	4479	25 %	25 %	0 %	50 %	384450091
93	NC_017286	CAG	2	6	4636	4641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384450091
94	NC_017286	AG	3	6	4647	4652	50 %	0 %	50 %	0 %	384450091
95	NC_017286	ATT	2	6	4654	4659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450091
96	NC_017286	AAG	2	6	4692	4697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450091
97	NC_017286	GA	3	6	4710	4715	50 %	0 %	50 %	0 %	384450091
98	NC_017286	A	6	6	4733	4738	100 %	0 %	0 %	0 %	384450091
99	NC_017286	TCT	2	6	4756	4761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450091
100	NC_017286	T	6	6	4764	4769	0 %	100 %	0 %	0 %	384450091
101	NC_017286	AATC	2	8	4806	4813	50 %	25 %	0 %	25 %	384450091
102	NC_017286	TGT	2	6	4943	4948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450091
103	NC_017286	GTTT	2	8	4972	4979	0 %	75 %	25 %	0 %	384450091
104	NC_017286	GTG	2	6	5009	5014	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384450091
105	NC_017286	GTT	2	6	5025	5030	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384450091
106	NC_017286	GA	3	6	5040	5045	50 %	0 %	50 %	0 %	384450091
107	NC_017286	ATT	2	6	5079	5084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450091
108	NC_017286	ACT	2	6	5099	5104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450091
109	NC_017286	TAA	2	6	5138	5143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450091
110	NC_017286	TTC	2	6	5193	5198	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450091
111	NC_017286	AAG	2	6	5222	5227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450091
112	NC_017286	GCT	2	6	5376	5381	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450092
113	NC_017286	CAA	2	6	5401	5406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450092
114	NC_017286	AAG	2	6	5526	5531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450092
115	NC_017286	AAG	2	6	5569	5574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450092
116	NC_017286	CAA	2	6	5632	5637	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450092
117	NC_017286	AGAGG	2	10	5652	5661	40 %	0 %	60 %	0 %	384450092
118	NC_017286	GAAA	2	8	5732	5739	75 %	0 %	25 %	0 %	384450092
119	NC_017286	TTA	2	6	5764	5769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450092
120	NC_017286	TAG	2	6	5821	5826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450092
121	NC_017286	TTTTG	2	10	5843	5852	0 %	80 %	20 %	0 %	384450092
122	NC_017286	GATTG	2	10	5925	5934	20 %	40 %	40 %	0 %	384450092
123	NC_017286	CAA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450092
124	NC_017286	A	8	8	5951	5958	100 %	0 %	0 %	0 %	384450092
125	NC_017286	CAA	2	6	5968	5973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450092
126	NC_017286	GAAT	2	8	6031	6038	50 %	25 %	25 %	0 %	384450092
127	NC_017286	AT	3	6	6041	6046	50 %	50 %	0 %	0 %	384450092
128	NC_017286	A	7	7	6063	6069	100 %	0 %	0 %	0 %	384450092
129	NC_017286	A	7	7	6158	6164	100 %	0 %	0 %	0 %	384450092
130	NC_017286	AAACA	2	10	6179	6188	80 %	0 %	0 %	20 %	384450092
131	NC_017286	CAA	2	6	6205	6210	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384450092
132	NC_017286	AGAAAA	2	12	6221	6232	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384450092
133	NC_017286	ATTA	2	8	6242	6249	50 %	50 %	0 %	0 %	384450092
134	NC_017286	TTAAT	2	10	6263	6272	40 %	60 %	0 %	0 %	384450092
135	NC_017286	A	6	6	6391	6396	100 %	0 %	0 %	0 %	384450093
136	NC_017286	TTA	2	6	6404	6409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450093
137	NC_017286	TAC	2	6	6468	6473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450093
138	NC_017286	ACT	2	6	6499	6504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450093
139	NC_017286	AAG	2	6	6533	6538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450093
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141	NC_017286	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450093
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164	NC_017286	AATAA	2	10	7501	7510	80 %	20 %	0 %	0 %	384450094

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.